Quelle ne fut pas la surprise de Santé Publique France quand en Mars 2020 le décompte des morts de la grippe en France s’élevait au chiffre astronomiquement ridicule de 88 (*), alors que précisément le nombre de vaccinations anti-grippales avait baissé (**). Que s’est-il finalement passé en fin d’hiver 2020, des co-infections grippe-Covid ont-elles été notifiées? On rappelle que tous les médias ont claironné cette affreuse probabilité afin d’initier la ruée sur le vaccin anti-grippal pour la saison 2020-21. Tout ne se passe pas toujours comme les journaux vous le racontent, heureusement que le Dr Emma Kahn veille au grain. Bonne lecture…

Introduction

Nous avons appris récemment la pénurie de vaccin grippal dans les pharmacies. Les autorités ont axé  leur campagne de communication cette année sur la nécessité d’éviter une épidémie de grippe qui s’ajouterait à la Covid-19. La population, angoissée par les annonces alarmantes de deuxième vague, s’est précipitée sur les vaccins disponibles. Etait-ce bien raisonnable ? La grippe est-elle une menace particulière cette année ?

A  la recherche des virus perdus

Nous sommes nombreux à avoir remarqué l‘absence du virus grippal des graphiques de l’OMS depuis le mois de mars 2020. Soit ce virus a disparu, soit on ne le cherche pas et donc on ne le trouve pas.

S’il a disparu, comment l’expliquer ?

La plus grande contagiosité du SARS-CoV-2 (telle qu’elle a été estimée au printemps 2020) pourrait expliquer que la compétition des 2 virus pour la même niche écologique ait laissé la place au plus performant (1).

De plus les mesures de distanciation physique imposées à partir de la mi-mars quasiment dans le monde entier auraient facilité la dominance du virus le plus contagieux. Il se peut aussi qu’il n’ait pas disparu (comme d’autres virus respiratoires moins célèbres et moins recherchés) mais que la focalisation de toute la recherche virologique sur le SARS-CoV-2 depuis mars 2020 l’ai laissé sans surveillance. Il se peut aussi que les 2 hypothèses ne s’excluent pas l’une l’autre.

Il est difficile de conclure à partir des données disponibles car il y a beaucoup d’incohérences dans ces données sur la grippe (et les autres virus respiratoires) cette année. J’ai collecté quelques données de l’OMS pour le monde entier et le peu de données disponibles pour la France.

Les prélèvements positifs pour le virus grippal sont en nombre très faible, ce qui peut expliquer les incohérences dans les données de l’OMS concernant le type de virus détecté.

Le virus grippal semble avoir disparu subitement au moment où la pandémie Covid-19 a été déclarée.
Concernant la France, les données étriquées du réseau Sentinelles nous apprennent que le virus grippal a complètement disparu depuis le 23 mars et n’est pas réapparu depuis.

Rhinovirus, metapneumovirus, virus grippaux

Mais en ce moment (octobre 2020), les rhinovirus circulent beaucoup plus que le SARS-CoV-2, et on note une petite circulation des metapneumovirus.

Ces rhinovirus peuvent présenter des symptômes d’infections respiratoires basses chez des personnes âgées ou fragiles et seraient responsables d’une mortalité supérieure à celle de la grippe particulièrement chez les résidents des maisons de retraite (2).

Matthew Shearer (du John Hopkins Institue,note 3) nous dit que la grippe  a vraiment complètement disparu suite aux mesures barrières (R0 de la grippe inférieur à celui de la Covid de mars-avril, mais maintenant le R0 du SARS-CoV-2 est passé en dessous de celui de la grippe)
Le CDC et l’HAS recommandent de tester la grippe et les autres virus respiratoires, ce qui suppose que ce n’est pas fait actuellement! (note 4).

Conclusion

Les données actuelles ne peuvent justifier la ruée sur les vaccins anti-grippaux cette année, d’autant que la très faible circulation du virus n’a certainement pas permis de choisir les bonnes souches à inclure dans le vaccin (comme le souligne le responsable du John Hopkins Institute (3). De plus, comme nous l’explique le Dr Michel de Lorgeril dans son dernier livre (**), l’efficacité du vaccin antigrippal est très loin d’être établie et des doutes sérieux existent sur le rôle de la facilitation des autres infections respiratoires par ce vaccin (voir aussi mon dernier article sur ce blog concernant la facilitation).

Cette disparition du virus grippal dans l’hémisphère Nord (si elle est avérée) est assez inquiétante car la grippe n’ayant pas été éradiquée, seuls les virus les plus contagieux seront capables de se transmettre : ils sont en compétition avec le SARS-CoV-2 plus efficace sans doute et occupant la même niche écologique. Les mesures de distanciation physique appliquées sur toute la planète vont en général sélectionner des virus plus contagieux.

Les données

USA :

Juste avant le confinement la grippe représentait 23% des virus isolés lors de prélèvements chez des malades atteints d’IRA (5). Le confinement a été mis en place à partir du 21 mars 2020. (6)

Sur cette figure du CDC, on voit que le pourcentage de virus grippal trouvé sur les prélèvements pour IRA avait commencé à diminuer avant le confinement. (ligne bleue pleine)
D’ailleurs, les années précédentes sans Covid, l’épidémie de grippe décline fortement aux USA à cette même période.

Figure 1 : Evolution des épidémies de grippe aux USA depuis 2016. Les barres bleues représentent le nombre de tests PCR grippe effectués. La grippe semble d’être terminée assez soudainement à partir de l’instauration du confinement.

Dans le monte entier

Figure 2 : circulation mondiale de la grippe depuis 2015. On note aussi ici un arrêt soudain au moment du confinement de la mi-mars.

Globalement la grippe s’éteint toujours à la même période, ce qui est remarquable cette année c’est la cassure nette à partir du moment où la pandémie à Covid-19 a été déclarée.

France

Figure 3 : comparaison de l’évolution des épidémies de grippe depuis 2015; la grippe de 2019-2020 se situe dans la moyenne.

Au 18 mars 2020, la moitié des prélèvements  testés pour IRA (infection respiratoire aigüe) étaient positifs pour un virus grippal (Sentinelles S11 du 9 au 15 mars 2020, note 7)
D’après l’OMS, on n’observe pas de différence temporelle dans l’épidémie de grippe 2019-2020 par rapport aux autres années (figure 3)
D’après le BEH S10 – 2020 (10), on observe une cassure du % de positifs à la semaine 9 (24 février 2020), confinement mis en place le 15 mars 2020 en France

Figure 4 : aussi bien à l’hôpital qu’en ville la surveillance s’arrête avec le confinement mais la cassure est visible.

La grippe était bien présente depuis octobre 2019 et on retrouvait le virus grippal dans la moitié des prélèvements testés pour IRA, et ceci jusqu’au 15 mars 2020. Ensuite le % diminue rapidement et le virus grippal disparaît à partir du 30 mars 2020. Aucun virus grippal n’est retrouvé jusqu’au 18 mai et ensuite la surveillance s’arrête. Elle reprend le 14 septembre et depuis toujours aucun virus grippal détecté (10). On retrouve, en médecine de ville, beaucoup plus de rhinovirus que de SARS-CoV-2 au début de cet automne 2020 (réseau Sentinelles).
D’après des données hospitalo-universitaires récentes (source désirant rester anonyme), la grippe ne circule vraiment pas chez les patients se présentant à l’hôpital : on retrouve des SARS-CoV-2 et des rhinovirus en proportion inverse de ce qui est retrouvé en médecine ambulatoire de ville (plus de SARS-CoV-2 que de rhinovirus). C’est attendu car il y a un biais de sélection chez les patients qui se présentent à l’hôpital pour confirmer un test trouvé positif (pour le SARS-CoV-2) en laboratoire de ville et recevoir éventuellement un traitement.

Incohérences dans les données de l’OMS

Les résultats publiés sont incohérents, c’est sans doute dû au très faible nombre d’échantillons positifs pour le virus (9) : sur une des publications seule la grippe A serait retrouvée dans l’hémisphère sud et sur l’autre on ne voit apparaître que la grippe B.

Figure 5 pourcentage des différents types de virus grippal dans les prélèvements positifs pour la grippe. La plupart des virus retrouvés dans l’hémisphère Sud sont de type A.

D’après le GIRSRS 12 octobre (texte) : 60% des grippes détectées dans l’hémisphère Sud sont de type A (9), et d’après la carte du même GIRSRS du 12 octobre : 70% des grippes détectées dans l’hémisphère Nord sont de type B et 100% de celles de l’hémisphère Sud sont de type de A.

Sur la courbe du 26 octobre d’un autre document du même GIRSRS (figures 6 et 7), seule la grippe B est détectée dans l’hémisphère Sud, aucun virus grippal n’est détecté dans l’hémisphère Nord ! C’est l’inverse des données ci-dessus provenant également de l’OMS!

Figure 6 : circulation des virus grippaux selon le type hémisphère Nord, 2019-2020. Disparition depuis mars 2020.

Figure 7 : circulation des virus grippaux selon le type hémisphère Sud, 2019-2020. Le type serait dominant depuis mars 2020.

Dr Emma Kahn
Novembre 2020

Notes et sources:
(*) https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/grippe/documents/bulletin-national/bulletin-epidemiologique-grippe-semaine-11.-saison-2019-2020
(**) de Lorgeril M. « Les vaccins contre la grippe, illusions et désinformations » livre 7, Chariot d’Or Ed. Sortie Octobre 2020

1- Comparaison des R0 grippe-sars2 (le R0 mesure la contagiosité)
a: Grippe
https://www.livescience.com/new-coronavirus-compare-with-flu.html
The flu has an R0 value of about 1.3, according to The New York Times.
R0 du H1Ni entre 1,2 et 1,6 : « The pandemic (H1N1) 2009 influenza virus has a R0 of 1.2 to 1.6. (Fraser, 2009) which makes controlling its spread easier than viruses with higher transmissibility. » (https://www.who.int/influenza/resources/research/research_agenda_influenza_stream_2_limiting_spread.pdf )
(R0 de la grippe inférieur à celui de la Covid de mars-avril, mais maintenant le R0 du SARS-CoV-2 est passé en dessous de celui de la grippe (1,34 selon le BEH du 21 oct 2020 https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infection-a-coronavirus/documents/bulletin-national/covid-19-point-epidemiologique-du-22-octobre-2020 )
b: SARS-CoV-2
The findings of this study suggest that R0 values associated with the Italian outbreak may range from 2.43 to 3.10, confirming previous evidence in the literature reporting similar R0 values for SARS-CoV-2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590053620300410
Assessment of the SARS-CoV-2 basic reproduction number, R0, based on the early phase of COVID-19 outbreak in Italy
https://www.medrxiv.org/content/medrxiv/early/2020/02/28/2020.01.30.20019877.full.pdf
Reconciling early-outbreak estimates of the basic reproductive number and its uncertainty: framework and applications to the novel coronavirus (SARS-CoV-2) outbreak
Sang Woo Park1,* Benjamin M. Bolker2,3,4 David Champredon5 David J. D. Earn3,4 Michael Li2 Joshua S. Weitz6, 7 Bryan T. Grenfell1,8,9 Jonathan Dushoff2,3,
R0 entre 2 et 4 (méta analyse)

2- Hung, I.F.N.; Zhang, A.J.; To, K.K.W.; Chan, J.F.W.; Zhu, S.H.S.; Zhang, R.; Chan, T.-C.; Chan, K.-H.; Yuen, K.-Y. Unexpectedly Higher Morbidity and Mortality of Hospitalized Elderly Patients Associated with Rhinovirus Compared with Influenza Virus Respiratory Tract Infection. Int. J. Mol. Sci. 2017, 18, 259.

3- https://www.outbreakobservatory.org/outbreakthursday-1/7/30/2020/southern-hemisphere-seasonal-influenza

4- https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/multiplex.html
CDC’s Diagnostic Multiplex Assay for Flu andCOVID-19 and Supplies
Aug. 2, 2020
Le test multiplex du CDC pour la grippe SARS-CoV-2 (Flu SC2) est un test de réaction en chaîne de la transcriptase inverse de la polymérase (RT-PCR) en temps réel qui détecte et différencie l’ARN du SARS-CoV-2, du virus de la grippe A et du virus de la grippe B dans les échantillons des voies respiratoires supérieures ou inférieures. Ce test fournit un outil de diagnostic sensible, basé sur les acides nucléiques, pour l’évaluation des échantillons provenant de patients en phase aiguë de l’infection.
https://www.has-sante.fr/jcms/p_3213581/fr/distinguer-la-grippe-de-la-covid-19-dans-quelles-situations-et-avec-quels-tests

5- After the first community case in Santa Clara, California, was confirmed on February 27, the county conducted COVID-19 surveillance with polymerase chain reaction–based virus testing during March 5–14 at four urgent care centers. Influenza accounted for 23% of respiratory illnesses; among those who had a negative test result for influenza, 11% had a positive test result for SARS-CoV-2, representing approximately 8% of patients with respiratory symptoms (https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6918e2.htm)

6 – Lockdown 21 mars (https://www.cbsnews.com/live-updates/coronavirus-disease-covid-19-latest-news-2020-03-21/)

7 – https://www.sentiweb.fr/france/fr/?page=bulletin&option=calendrier

8 – BEH S10 : 2020 https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/grippe/documents/bulletin-national/bulletin-epidemiologique-grippe-semaine-10.-saison-2019-2020

9 – « National Influenza Centres (NICs) and other national influenza laboratories from 57 countries, areas or territories reported data to FluNet for the time period from 14 September 2020 to 27 September 2020 (data as of 2020-10-09 03:04:42 UTC). The WHO GISRS laboratories tested more than 50521 specimens 1during that time period. 99 were positive for influenza viruses, of which 60 (60.6%) were typed as influenza A and 39 (39.4%) as influenza B. Of the sub-typed influenza A viruses, none were influenza A(H1N1)pdm09 and 50 (100%) were influenza A(H3N2). Of the characterized B viruses, 5 (22.7%) belonged to the B-Yamagata lineage and 17 (77.3%) to the B-Victoria lineage. »
https://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/flunet/en/
par pays :  https://app.powerbi.com/view?r=eyJrIjoiMTEyZmM0NGItNjU3OS00YzgzLTgwMDYtNjQ4OWJlNjNkMGZhIiwidCI6ImY2MTBjMGI3LWJkMjQtNGIzOS04MTBiLTNkYzI4MGFmYjU5MCIsImMiOjh9

10 – D’après le BEH S10 du 11 mars 2020, (note 7), depuis la semaine 40 (octobre 2019):
• ► En médecine ambulatoire, sur 2 278 prélèvements analysés, 1 098 étaient positifs pour la grippe (48%) : – 54% de virus de type A : 41% A(H1N1)pdm09, 12% A(H3N2) et 1% A non sous-typés – 46% de virus de type B : 43% B/Victoria, 1% B/Yamagata et 2% B de lignage non déterminé
• ► En milieu hospitalier, sur les 111 279 prélèvements analysés, 14 241 (12,8%) virus grippaux ont été détectés : 8 858 (62%) correspondaient à un virus de type A et 5 383 (38%) à un virus de type B.
Sentinelles
depuis le 23 mars aucun virus de la grippe détecté par Sentinelle !
(https://www.sentiweb.fr/france/fr/?page=bulletin&option=calendrier)
Semaine 11 (9 au 15 mars) , 39 prélèvements testés, 46% positif à la grippe
En semaine 12, 116 prélèvements,
13,8% positifs au SARS-CoV-2
(18,1%) étaient positifs pour un virus grippal :
– 10 (8,6%) pour un virus grippal de type A – 1 virus A(H3N2) – 9 virus de type A non sous-type ́
– 11 (9,5%) pour un virus grippal de type B – 4 virus B de lignage Victoria – 7 virus B de lignage non-déterminé
Aucune co-infection virale SARS-CoV-2 / virus grippal n’a été observée.
Semaine 13 : 71 prélèvements testés pour le SARS-CoV-2 (COVID- 19).
23,9% étaient positifs au coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19). Ce chiffre est en augmentation par rapport a` la semaine 2020s12 (14,9%, 21/141).
9,9 % étaient positifs pour un virus grippal (en diminution par rapport à la semaine 2020s12), et répartis ainsi :
– 3 (4,2%) étaient positifs pour un virus grippal A non sous-typé – 4 pour un virus grippal de type B
– 1 (1,4%) virus B de lignage Victoria
– 3 (4,2%) virus B de lignage non-déterminé
Aucune co-infection virale SARS-CoV-2 / virus grippal n’a été observée
Semaine 14 (30 mars) : 29 prélèvements testés pour le SARS-CoV-2 (COVID-19).
13,8% étaient positifs au SARS-CoV-2 (COVID-19). Ce chiffre est en diminution par rapport à la semaine 2020s13 (20,7%, 25/121).
Aucun virus grippal trouvé
Aucune co-infection virale SARS-CoV-2 / virus grippal n’a été observée
S15 : 0 grippe sur 37 prélèvements
S 18 : ni grippe ni covid sur 26 prélèvements
S 21 18 mai : 16 prélèvements, 0 grippe, 0 covid
ensuite : arrêt de la surveillance des virus respiratoires par Sentinelles
S 38
La surveillance des virus respiratoires recommence en semaine 38 (14 sept)
29 prélèvements, dont 62% hRV, 10% Sars, 0 grippe ,
Semaine 42 du 12 au 18 octobre 2020 :
60% de positifs au rhinovirus parmi les cas d’IRA
17% positifs au SARS-cov-2
1,3% positifs au hMPV
aucun positif à la grippe ni au VRS
aucune co-infection grippe covid jamais observée

 

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