Puisque nous vivons sans discontinuer dans un océan de mensonges proférés au sujet de la Covid-19 et que bientôt les réseaux sociaux seront totalement privés du droit au contradictoire, voici une mise au point très fouillée de l’état des connaissances -réelles- en matière d’immunité post infectieuse et post vaccinale. Laquelle confère au sujet la meilleure protection, qui pourrait se ré-infecter, faut-il vacciner les anciens malades et sur quels critères? Au secours tout déraille, Hélène Banoun nous le démontre de manière implacable dans un article complexe mais éclairant, déjà déposé sur researchgate en deux langues (*). Bonne lecture.

 

Résumé
– Il devrait être inutile d’écrire un article pour démontrer la supériorité de l’immunité naturelle sur la vaccinale, mais cela devient nécessaire devant les nombreuses attaques sournoises qui tendent à faire passer l’immunité artificielle comme plus performante. De plus il est officiellement recommandé de vacciner les personnes qui ont déjà été infectées par la Covid-19.
Les survivants du SARS-CoV de 2003 possèdent une mémoire cellulaire immune plus de 17 ans après l’infection.
De nombreuses études ont exploré l’immunité humorale (anticorps) et cellulaire vis à vis du SARS-CoV-2 après une infection Covid-19 : celle-ci persiste au moins un an (et même 14 mois) de manière robuste chez les convalescents et elle serait de meilleure qualité que l’immunité vaccinale : les anticorps naturels sont plus puissants, ont un spectre plus large et sont capables d’évoluer face aux variants de manière plus efficace que les anticorps vaccinaux.
Ces études in vitro sont confirmées par la protection contre les réinfections conférée par une primo-infection, particulièrement dans des pays précocement et beaucoup vaccinés comme Israël et le Royaume Uni.
La vaccination d’une personne primo-infectée pourrait aussi diminuer l’efficacité de son immunité naturelle contre de futures réinfections.
Les anticorps neutralisants ne sont peut-être pas le bon corrélat de protection contre l’infection, en effet, d’une part on a trouvé de fort taux d’anticorps neutralisants chez des malades atteints de Covid sévères et d’autre part, les vaccinés, plus sensibles aux réinfections que les primo-infectés, présentent des taux d’anticorps équivalents à supérieurs aux taux observés chez les primo-infectés.
On mesure in vitro la capacité neutralisante de ces anticorps dirigés contre la protéine spike membranaire. Cette capacité neutralisante peut être différente in vivo ; elle peut être amoindrie par la présence d’anticorps facilitant l’infection et enfin, des anticorps sont produits contre d’autres antigènes viraux lors d’une infection naturelle. L’immunité cellulaire pourrait être le bon corrélat de protection et ce type de réponse pourrait être de moins bonne qualité chez les vaccinés.
De plus la vaccination de sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe plus d’effets indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la première dose de vaccin.
La vaccination pourrait diminuer la capacité à réagir à de futurs variants. Elle pourrait aussi avoir un effet non spécifique de remodelage de la réponse immune innée en diminuant la réponse potentielle à d’autres virus ou aux cancers et en modifiant l’évolution des maladies inflammatoires et auto-immunes.
Il faudrait donc explorer l’immunité naturelle d’une population avant de proposer une vaccination : jusqu’à 50% de la population pourrait avoir été infectée dans certains pays.

Introduction

Il devrait être inutile d’écrire cet article pour démontrer que l’immunité naturelle est supérieure à l’immunité vaccinale : en effet depuis l’apparition de la vie sur Terre, l’immunité naturelle n’a cessé de se développer chez tous les êtres vivants en réponse aux prédateurs et tout ceci sans vaccins! L’immunité innée a précédé l’immunité adaptative et a permis de reconnaître les pathogènes étrangers, de les éliminer et de garder une mémoire immune (1).

Jusqu’en juin 2020, l’immunité naturelle, liée au système immunitaire inné et adaptatif/acquis de l’homme, était reconnue par l’OMS comme un élément clé de l’immunité collective contre les nouveaux agents pathogènes.

Jusqu’en novembre 2020, l’OMS admettait que l’immunité peut être procurée par l’infection ou par la vaccination, le 13 novembre 2020, l’OMS affirme que l’immunité collective d’une population ne peut être atteinte que par la vaccination et non par l’infection naturelle ! Ceci est réaffirmé le 31 décembre 2020 pour la Covid-19, tout en reconnaissant qu’on ne connaît pas le seuil de couverture vaccinale à obtenir pour atteindre cette immunité collective !

A noter que seule la définition du 31 décembre 2020 est encore accessible, https://www.who.int/news-room/q-a-detail/herd-immunity-lockdowns-and-covid-19, les précédentes sont visibles sur la capture d’écran ci-dessous)

Capt. écran

Dans une récente publication, l’institut John Hopkins n’évoque que l’immunité vaccinale dans une discussion au sujet de l’hypothétique immunité de groupe à attendre contre la Covid (2).

L’immunité vis à vis des coronavirus

Les connaissances sur l’immunité acquise après une infection à coronavirus sont très insuffisantes.
En 1990 a été publiée la seule expérience in vivo sur des humains sur l’immunité acquise contre les coronavirus banals des rhumes3 : des volontaires ont été infectés par le coronavirus 229E, qui provoque les symptômes du rhume et sont revenus un an plus tard pour être à nouveau exposés au virus. La plupart des personnes ont été infectées à nouveau, mais celles qui avaient été malades l’année précédente n’ont pas développé de symptômes du rhume. Les auteurs de l’étude ont également déclaré que la période d’excrétion du virus, lorsqu’une personne est contagieuse, était plus courte chez ceux qui avaient été infectés l’année précédente.

S’agissant du SARS-CoV-1 de 2003, il a été montré que l’immunité cellulaire persiste 11 ans selon une étude publiée en 2016 (4). Et selon une étude de 2020, les patients ayant survécu au SARS de 2003 possèdent une réactivité cellulaire mémoire 17 ans après l’épidémie (5)

Le SARS-CoV-2 responsable de la Covid-19 étant un virus proche du SARS-CoV-1 de 2003 et présentant de nombreuses similarités du point de vue épidémiologique et de la pathogénicité, il est possible que l’immunité cellulaire contre le virus de la Covid-19 persiste des années.

L’immunité mesurée in vitro après infection par le SARS-CoV-2

Les études comparant in vitro (dosage des anticorps, activité neutralisante, cellules B et T mémoires) immunité naturelle et vaccinale semblent montrer la supériorité de l’immunité naturelle.

Il semblerait que la vaccination modifie la réponse immunitaire des convalescents et pas forcément dans le bon sens : elle pourrait réduire la capacité ultérieure des convalescents à réagir à de futurs variants.

Des publications (exemples ci-dessous) montrent que les anticorps neutralisants et les cellules mémoires B (immunité humorale) et T (immunité cellulaire) persistent au moins un an chez les convalescents. La protection contre l’infection par le SRAS-CoV-2 pourrait durer des années (6).

Immunité humorale (anticorps)

Il est normal d’observer une baisse du taux d’anticorps circulants après une infection, c’est ce qui se passe avec toutes les infections, sinon le sang serait épaissi par tous les anticorps qui s’accumuleraient au long de la vie. Parallèlement à cette baisse se construit et s’affine la mémoire immunitaire.

– « La légère baisse des anticorps observée chez les personnes convalescentes ne reflète pas un réel déclin de l’immunité humorale, mais plutôt une contraction de la réponse immunitaire, tandis que la maturation de l’affinité des anticorps se produit et que les cellules B mémoire anti-Spike persistent. » (7)

Il semblerait même, selon plusieurs publications que la mémoire immune naturelle soit de meilleure qualité que la mémoire vaccinale.

Selon Cho et al., les anticorps naturels sont plus puissants et de spectre plus étendu que les anticorps vaccinaux. Comme nous le verrons plus bas, le pouvoir neutralisant du plasma mesuré in vitro n’est sans doute pas une preuve de protection contre l’infection (8).

Les anticorps dirigés contre le RBD (domaine de liaison au récepteur cellulaire) de la protéine spike et contre la spike entière persistent au moins 1 an après guérison de la Covid, le taux des Ac anti-RBD est corrélé au taux d’anticorps neutralisants (9).
Chez les vaccinés les taux d’anticorps diminuent de 40% par mois et de moins de 5% par mois chez les convalescents. (10)

Immunité cellulaire

-Chez les patients rétablis de COVID-19, les réponses des cellules T CD8+ spécifiques du SRAS-CoV-2 restaient largement intactes et pouvaient reconnaître pratiquement toutes les mutations des variants étudiés. (11)
-Chez les patients dialysés, une équipe allemande a trouvé une meilleure immunité humorale et cellulaire chez les convalescents en comparaison des patients vaccinés : ceci concerne les taux d’anticorps neutralisants et les réponses des cellules T dirigées contre la protéine spike.
-Les taux de cellules T CD4+ S-réactives, de cellules T helper et effectrices mémoires sont plus élevés chez les convalescents que chez les vaccinés (12).
La plupart des patients COVID-19 induisent une défense immunitaire de grande envergure contre l’infection par le SRAS-CoV-2, englobant des anticorps et des cellules B mémoire reconnaissant à la fois le RBD et d’autres régions de la spike, des cellules T CD4+ largement spécifiques et polyfonctionnelles, et des cellules T CD8+ polyfonctionnelles. La réponse immunitaire à une infection naturelle est susceptible de fournir un certain degré d’immunité protectrice, même contre les variants du SARS-CoV-2, car les épitopes des cellules T CD4+ et CD8+ seront probablement conservés (13).
-Selon une méta-analyse de 18 études des épitopes (fractions d’antigènes) du SARS-CoV-2 reconnus par les cellules T des convalescents de la Covid-19 : La grande diversité des épitopes qui ne se cantonne pas à la protéine S ne semble pas affectée par les variants VOC, du moins avant l’arrivée du variant delta (14).

Une récente publication israélienne du 21 septembre 2021, montre la persistance de l’immunité humorale chez les convalescents pendant 14 mois, ce qui n’est pas le cas chez les vaccinés.

Le contournement de l’immunité innée par les vaccins ARNm pourrait affecter la capacité du système immunitaire à maintenir des niveaux suffisants de plasmocytes à longue durée de vie (15).

Protection contre les réinfections par l’immunité naturelle

Ces observations in vitro des taux d’anticorps et de cellules mémoires sont bien confirmées par la recherche des réinfections chez les convalescents : celles-ci sont très rares.
De nombreuses publications, pour la bibliographie voir le récent article du BMJ (16),  montrent que le taux de réinfection est très faible (inférieur à 1%) suite à une première infection par la SARS-CoV-2.

La grande majorité de ces réinfections n’en est pas à proprement parler puisqu’elles sont asymptomatiques : ce n’est qu’un portage nasal de virus sans infection systémique. Ceci n’est pas étonnant pour un virus de rhume ; le nez étant un sanctuaire immunitaire où ne circulent pas les anticorps sanguins.

Quelle est la proportion de personnes immunisées naturellement par infection dans le monde ?

Il existe des informations parcellaires :

  • au Kenya en novembre 2020, plus du 1/3 de la population était séropositive (17);
  • en Inde en janvier 2021, 25% de la population était séropositive (18).
  • En Chine, à Wuhan, épicentre de l’épidémie, un très faible taux de séropositivité a été trouvé, moins de 4% en avril 2020 (19). Les personnes infectées mais peu ou pas symptomatiques ne développent pas ce types d’anticorps spécifiques du SARS-CoV-2, elles auraient été protégées par leur immunité croisée envers les coronavirus des rhumes banals.
  • En France, la HAS estime que 23% de la population a été infectée alors que 8% seulement ont été dépistés par test PCR ou antigénique (20).
  • On estime que presque la moitié des américains ont été infectés par le SARS-CoV-2. (16)
  • En août 2020 , 40% de la population malgache (estimation sur les donneurs de sang) aurait été séropositive (21).

Un des obstacles à ces études de séroprévalence est que les tests sérologiques manquent de standardisation. (22)

Un autre problème est que l’on peut-on être immunisé et ne pas avoir d’anticorps (anticorps anti S ou autres)

D’après des publications de 2020, des personnes infectées mais n’ayant pas développé de symptômes présentent une réaction cellulaire T mais pas d’anticorps (23, pour une revue) ; ceci est confirmé en 2021 : Le Bert et al. (24) recherchent les asymptomatiques séropositifs pour les anticorps antiNP-IgG (anticorps dirigés contre la nucléocapside du virus) : tous les séropositifs ont une réponse immunitaire cellulaire spécifique du virus hautement fonctionnelle. De plus des individus séronégatifs pour les anti-NP IgG présentent aussi des cellules T réagissant spécifiquement avec les antigènes du SARS-CoV-2

Qu’appelle-t-on réinfection ?

Le CDC définit une réinfection comme un test positif sans tenir compte des symptômes, de plus les non vaccinés se font plus tester que les vaccinés, du fait des pass sanitaires (25).

Les seules études qui prétendent que l’infection ne protège pas de la réinfection ne définissent pas clairement le terme de réinfection : une PCR positive avec un Ct à 35 (faible charge virale ou faux positif) sans symptôme ne peut être définie comme une réinfection.

L’étude des réinfections montre que l’infection procure une protection contre l’infection au moins aussi puissante et sans doute supérieure à la vaccination.

Déjà en avril 2021, F. Krammer proposait que l‘immunité naturelle était meilleure que la vaccinale en se fondant sur une étude britannique comparant les personnels de santé primo-infectés et les vaccinés (26).

Depuis cette publication, la suite de cette étude SIREN a concerné les réinfections au variant delta et elle montre la supériorité de l’immunité naturelle (27). Sur les 9 831 personnels de santé ayant été déjà infectés par la Covid avant le début de l’étude, 51 ont été réinfectés entre avril et juillet 2021, période de circulation du variant delta. Parmi ces 51 personnes, 45 étaient vaccinées depuis au moins 21 jours après la dose 1 ou 14 jours après la dose 2, rien n’est précisé sur les 6 personnes restantes : soient elles n’étaient pas vaccinées soit, elles ont été infectées dans les quelques jours suivant la dose 1 ou 2 à cause de l’ADE (antibody dependent enhancement = facilitation de l’infection par les anticorps vaccinaux) : pour quoi n’est-ce pas précisé ? Au total l’infection protège donc de la réinfection ce qui n’est pas le cas de la vaccination

Selon une étude française, la réduction relative de l’incidence de la réinfection par le SARS-CoV-2 est de 96,7 % chez les convalescents (28) par rapport aux non-infectés.

Chez les jeunes recrues de l’armée, les réinfections (chez les séropositifs) sont 5 fois plus rares que les infections chez les séronégatifs et les réinfectés sont le plus souvent asymptomatiques. (29)

Epidémie de Covid dans une mine d’or en Guyane Française au variant gamma, juin 2021 (30)

Voici les principales observations :

  • Les rétablis de la Covid ne sont pas infectés (sauf s’ils ont été vaccinés),
  • 15 sur 25 vaccinés sont infectés (rétablis ou non),
  • Les non vaccinés sont infectés les derniers, donc il se peut que les vaccinés aient infecté les non vaccinés.
  • Les vaccinés ont une charge virale légèrement supérieure à celle des non vaccinés.
  • On n’observe pas de forme grave malgré la forte présence de facteurs de risque chez les mineurs infectés.

Et enfin, il faut bien sûr citer les études réalisées en Israël, le pays vacciné le plus précocement sur une large proportion de la population. Selon Gazit et al.(Israël, 31),

  • Les personnes n’ayant jamais été infectées et vaccinées contre le SRAS-CoV-2 présentaient un risque accru de 13,06 fois d’infection par le variant Delta (ou 5,96 fois selon le mode de calcul) par rapport aux personnes déjà infectées. Le risque accru était également significatif pour la maladie symptomatique.
  • Par rapport aux primo-infectés, les vaccinés non infectés par le SRAS-CoV-2 présentaient un risque accru de 27 fois d’infection symptomatique (ou 7 fois selon le mode de calcul) de maladie symptomatique.
  • Les vaccinés présentaient également un risque plus élevé d’hospitalisations liées au COVID-19 (6,7 fois plus) que les précédemment infectés.

Cette étude a démontré que l’immunité naturelle confère une protection plus durable et plus forte contre l’infection, la maladie symptomatique et les hospitalisations causées par le variant Delta du SARS-CoV-2, par rapport à l’immunité induite par le vaccin à deux doses BNT162b2.

Les personnes qui avaient déjà été infectées par le SRAS-CoV-2 et qui avaient reçu une seule dose du vaccin ont obtenu une protection supplémentaire contre le variant Delta. Il faut ajouter bien sûr comme d’habitude que les Covid post vaccinales sont exclues puisque, chez les infectés et vaccinés, on ne les comptabilise qu’à partir de 7 jours après l’injection.

On ne prend pas en compte l’ADE, donc les résultats sont peut-être en défaveur de la vaccination chez les infectés, on ne peut pas savoir!

D’autre part, il y a exclusion des personnes qui ont été infectées avant le 28 février 2021, donc en gros les personnes âgées et fragiles (vaccinées en premier dès décembre 2020) : le résultat serait donc encore plus en défaveur du vaccin si elles étaient incluses!

Cette étude a été reprise dans Science Mag et résumée ainsi : Les Israéliens qui ont eu une infection étaient plus protégés contre le variant Delta du coronavirus que ceux qui avaient reçu un vaccin COVID-19. (32)

Méta-analyse des données concernant l’immunité naturelle au 21 septembre 2021  (33)

L’immunité naturelle est équivalente ou supérieure à la vaccination pour protéger de la Covid : aucune étude ne permet de conclure à la supériorité de la protection vaccinale sur l’immunité naturelle avec une certitude statistique, mais des études d’observation ont confirmé l’avantage de la protection par l’immunité naturelle.

L’avantage à vacciner des personnes ayant déjà contracté la Covid est nul ou très faible (3 études sur quatre ne trouvent aucun avantage à vacciner les convalescents et la protection supplémentaire trouvée en poolant toutes les études est de 0,004%).

L’immunité vaccinale est associée classiquement au titre d’anticorps neutralisants in vitro mais les anticorps neutralisants sont-ils le bon corrélat de protection ?

On trouve des résultats discordants sur la persistance des anticorps neutralisants après infection : dans certaines études ces anticorps persistent au moins un an, dans d’autres leur taux diminue rapidement, c’est peut-être dû aux méthodes utilisées qui diffèrent selon les études. Celles-ci utilisent, pour mesurer le pouvoir neutralisant d’un sérum in vitro, soit des virus vivants cultivés sur différents types cellulaires, soit des pseudovirus reconstitués portant à leur surface des protéines spike mutées du SARS-CoV-2.

Selon une méta-analyse (34), les taux d’anticorps neutralisants induits par les vaccins à ARNm contre les variants du SRAS-CoV-2 étaient similaires, voire supérieurs, à ceux obtenus à partir de personnes naturellement infectées. Ceci n’est pas cohérent avec le faible taux de réinfection chez les primo-infectés par rapport aux vaccinés, comme vu plus haut au Royaume Uni (27): les réinfections avec le variant delta chez les personnels de santé concernent uniquement des vaccinés (complètement ou partiellement).

Selon de nombreuses études, le taux d’anticorps neutralisants et leur spectre vis à vis des variants est considérablement augmenté après vaccination chez des individus préalablement infectés: (35).

  • Selon Stamatos (36), la vaccination peut augmenter jusqu’à 1 000 fois le taux d’anticorps neutralisants actifs contre des variants chez des primo-infectés.
  • Selon Reynods et al. (37), les vaccinés naïfs ont une réponse similaire en anticorps à celle des personnes naturellement infectées mais les réponses cellulaires T sont plus limitées et parfois absentes.
  • Au contraire, selon Havervall et al., les taux d’anticorps neutralisants les souches sauvages et mutantes 12 mois après une infection naturelle sont plus bas que chez les vaccinés (38).
  • Selon Planas et al., les sérums de convalescents perdent avec le temps leur capacité de neutralisation in vitro du variant delta. Une seule dose de vaccin ne donne quasiment pas d’Ac neutralisants envers le variant delta, quelque soit le vaccin. (39)

La vaccination entraînerait donc des taux supérieurs d’anticorps neutralisants par rapport à l’infection naturelle, ceci entre en contradiction avec les différents taux de réinfections observés entre infectés et vaccinés : les anticorps neutralisants sont-ils le bon corrélat de protection ?

Selon le Pr. La Scola dans une vidéo, la présence de forts taux d’anticorps neutralisants chez des vaccinés ne les empêche pas d’être infectés (40). Il y a corrélation entre le taux d’anticorps mesuré par Elisa et la séroneutralisation mais absence de corrélation entre les taux d’anticorps neutralisants in vitro et la protection contre l’infection:

Dans cette étude, 5% des vaccinés font une infection, contre seulement 0,23% chez les personnes ayant fait la maladie Covid-19, donc l’effet de l’immunité cellulaire n’est pas objectivé par la séroneutralisation ; en effet la plupart des vaccinés ont un taux élevé d’Ac. »

Ceci est confirmé par d’autres publications (16).

Les Ac neutralisants acquis après infection varient beaucoup selon le variant qui a causé l’infection ; les vaccins ARNm induisent des taux d’Ac neutralisants supérieurs à ceux de l’infection (41) et pourtant l’infection protège mieux que le vaccin et des malades graves de la Covid peuvent présenter de forts taux d’anticorps neutralisants.

L’explication théorique de cette absence de corrélation entre Ac neutralisants in vitro et protection pourrait se trouver ici : la neutralisation du virus est étudiée in vitro, dans des conditions totalement différentes de ce qui se passe in vivo et pourrait ne pas refléter ce qui se passe dans l’organisme (42)

Mémoire immune  et autres épitopes que ceux de la spike

La quasi totalité des études concernent les anticorps anti-spike, cependant, « La majorité des épitopes ciblés par les CD8+ se trouvent dans les protéines internes du virus ou dans les NSP [protéines non structurales, dont ne fait pas partie la protéine spike] » (43)

La protection contre l’infection est sans doute due autant à la mémoire immune qu’à la persistance de taux d’anticorps élevés. (44) Les anticorps neutralisants pourraient perdre leurs propriétés en présence d’anticorps facilitants produits par la vaccination.

Le présent article ne peut développer ce dernier sujet qui est évoqué dans de récents publications. (45)

Immunité mucosale

Il faut évoquer aussi le rôle de l’immunité mucosale qui est stimulée par l’infection naturelle et pas par la vaccination par voie IM :

– « Presque toutes les études de la réponse immunitaire chez les COVID-19 se sont concentrées exclusivement sur les anticorps sériques et l’immunité systémique à médiation cellulaire, y compris les réponses innées. L’immunité des muqueuses et les anticorps IgA sécrétoires et circulants jouent un rôle important dans le COVID-19, il est important de l’élucider afin de comprendre en particulier les états asymptomatiques et légers de l’infection, qui semblent représenter la majorité des cas.» (46)
– « La vaccination de personnes n’ayant jamais été infectées pourrait ne pas induire une forte immunité humorale dans la muqueuse respiratoire, car les anticorps neutralisants contre le SRAS-CoV-2 sont rarement détectés dans les écouvillons nasaux des personnes vaccinées. S’il s’avère que les stratégies de vaccination actuelles ne permettent pas d’obtenir des réponses immunitaires humorales et à médiation cellulaire robustes dans les voies respiratoires, il faudrait alors envisager des stratégies permettant de mieux susciter des lymphocytes B et T spécifiques du SRAS-CoV-2 dans les muqueuses chez les personnes n’ayant jamais été infectés – par exemple en mettant en œuvre une immunisation par ARNm par voie intranasale qui a plus de chances d’induire une immunité stérilisante.» (47)

La protection contre la Covid pourrait aussi être due à l’immunité croisée vis à vis des coronavirus de rhume banal (23).
Une récente étude montre que les enfants ont des cellules réactives au SARS-CoV-2 dans les amygdales, même s’ils n’ont pas été exposés au virus : une immunité croisée préexistante de type cellulaire pourrait donc expliquer qu’ils soient résistants à la Covid. (48)

Est-il opportun de vacciner les convalescents de la Covid ?

Cas des Covids longs (49)

Deux théories expliquent les covid longs :

  • soit le virus persiste et provoque une inflammation chronique,
  • soit c’est l’auto-immunité par fabrication d’auto-anticorps contre des protéines virales possédant des similitudes avec des protéines humaines. La vaccination peut aggraver ce phénomène mais aussi l’améliorer, on ne le sait pas à l’avance.

Les vaccins ARNm orientent de façon aberrante les réponses des cellules T chez les patients souffrant de séquelles neurologiques de l’infection Covid (Covid long) : est-il opportun de les vacciner? (50)

Effet nocif du vaccin sur la capacité à réagir à de nouveaux variants

La vaccination des sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe plus d’effets indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la première dose de vaccin (51).

De plus, la vaccination n’améliore pas la capacité à répondre à de nouveaux variants et elle pourrait même être nocive.

Une étude conclut à des résultats assez contradictoires :

  • la vaccination augmente de 30 à 50 fois la réponse humorale et mémoire chez les convalescents.
  • L’activité neutralisante chez les convalescents non vaccinés est affaiblie contre les variants (le variant delta n’est pas testé) mais augmentée après vaccin chez convalescents.
  • Le spectre de neutralisation des anticorps recueillis chez les convalescents s’élargit avec le temps et au bout d’un an la puissance et le spectre de neutralisation sont augmentés envers les variants.
  • La vaccination n’élargit pas le spectre d’expansion clonale par rapport à celui des convalescents non vaccinés au bout d’un an.
  • L’affinité des anticorps se liant au RBD n’est pas augmentée par la vaccination au bout d’un an, pas de différence dans l’effet neutralisant (52).

La seconde dose de vaccin BNT162b2 entraîne une réduction de l’immunité cellulaire chez les personnes ayant récupéré de la COVID-19, ce qui suggère qu’une seconde dose, selon le schéma standard actuel de vaccination, pourrait ne pas être nécessaire chez les personnes précédemment infectées par le SRAS-CoV-2 : la seconde dose de vaccin non seulement ne renforce pas l’immunité humorale, elle mais détermine une contraction de la réponse cellulaire T spécifique de la protéine spike (53).

L’immunité naturelle des infectés est bridée par une vaccination ultérieure anti-Covid. La vaccination des sujets convalescents réduit la capacité à produire des anticorps à large spectre contre des variants futurs ; les convalescents non-vaccinés possèdent cette capacité (54). L’affinité des Ac naturels augmente plus avec le temps que celle des Ac vaccinaux.

Après vaccination des primo-infectés, le taux d’anticorps neutralisants augmente mais pas la puissance de ces Ac ni la capacité à évoluer vers un spectre large de protection par la suite. Ceci est valable aussi pour le variant delta.
La différence entre les compartiments de cellules mémoires en réponse à l’infection ou à la vaccination (ARNm) est cohérente avec le meilleur niveau de protection conféré par l’infection naturelle par les variants.

Une réduction relative de la réactivité des sérums avec le variant B.1.1.7 par rapport au variant Wuhan-1 est constatée après la deuxième immunisation de rappel. Ces données permettent de comparer les différents vaccins en termes de production d’anticorps anti-S et remettent en question l’intérêt d’une immunisation répétée avec la même séquence de protéine S. Chez les convalescents, la vaccination a provoqué une perte relative de la capacité de reconnaissance du variant B.1.1.7 commençant dès 15 jours après la première dose de Pfizer et s’aggravant ensuite. (55)

La réponse CD4+ T cell est diminuée chez les convalescents après vaccination par rapport aux individus naïfs : la vaccination endommagerait la réponse cellulaire T. Après vaccination, l’ampleur de la réponse immune semble plus faible chez les convalescents que chez les individus naïfs. (56)

Le vaccin Pfizer pourrait remodeler la réponse immunitaire innée à d’autres pathogènes. Il induirait une tolérance immune qui pourrait soit être bénéfique dans la Covid-19 caractérisée par une hyper-inflammation, soit être délétère en diminuant la réponse à d’autres infections virales et aux cancers. Ce vaccin pourrait également interférer avec d’autres vaccinations comme celle contre la grippe qui sera certainement administrée au même moment au début de l’automne. (57)

Cette reprogrammation de l’immunité immune pourrait être de longue durée en raison de phénomènes épigénétiques:

– « L’ « entraînement » de la réponse immune innée joue un rôle important à la fois dans les maladies où la défense de l’hôte est altérée, comme les cancers, et dans les maladies auto-inflammatoires et auto-immunes, dans lesquelles un phénotype d’immunité « entraînée » exacerbé pourrait contribuer à la pathogenèse de la maladie. L’impact de l’entraînement immunitaire, et plus généralement du recâblage épigénétique dans les divers processus d’amorçage, d’adaptation ou de tolérance au cours de la maladie, mérite des études supplémentaires. » (58)

Conclusion

L’immunité naturelle vis à vis de la Covid -19 (c’est à dire obtenue après une infection naturelle par le virus) est donc certainement solide et durable. Les travaux sur l’immunité post-vaccinale concernent principalement les anticorps dits « neutralisants » in vitro. Les taux de ces anticorps pourraient ne pas être un bon corrélat de protection car des études retrouvent souvent des taux d’anticorps plus élevés après vaccination qu’après infection.

Pourtant les réinfections sont beaucoup plus fréquentes chez les vaccinés que chez les convalescents.

La protection contre la Covid-19 pourrait plutôt dépendre de la mémoire immunitaire (due aux cellules mémoires T et B qui persistent longtemps après infection) et semble de meilleure qualité que celle conférée par les vaccins.

De plus la vaccination de sujets convalescents pourrait comporter des risques : on observe plus d’effets indésirables systémiques chez les sujets convalescents que chez les naïfs après la première dose de vaccin.

La vaccination pourrait diminuer la capacité à réagir à de futurs variants. Elle pourrait aussi avoir un effet non spécifique de remodelage de la réponse immune innée en diminuant la réponse potentielle à d’autres virus ou aux cancers et en modifiant l’évolution des maladies inflammatoires et auto-immunes.

Hélène Banoun
Pharmacien biologiste, PhD, ancien chercheur INSERM
Octobre 2021

 

 

 

 

Notes et sources
(*) https://www.researchgate.net/publication/354985184_Covid-19_Immunite_naturelle_versus_immunite_vaccinale
https://www.researchgate.net/publication/354985096_Covid-19_Natural_immunity_versus_vaccine_immunity
(1) Tsakou-Ngouafo, L., Paganini, J., Kaufman, J. and Pontarotti, P. (2020). Origins of the RAG transposome and the MHC. Trends Immunol. 41(7),561-571. https://doi.org/10.1016/j.it.2020.05.002
(2) https://publichealth.jhu.edu/2021/what-is-herd-immunity-and-how-can-we-achieve-it-with-covid-19 Rethinking Herd Immunity and the Covid-19 Response End Game
(3) The time course of the immune response to experimental coronavirus infection of man. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2271881/ »>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2271881/
(4) (Ng et al., 2016) Ng OW, Chia A, Tan AT, Jadi RS, Leong HN, Bertoletti A, Tan YJ. Memory T cell responses targeting the SARS coronavirus persist up to 11 years post-infection. Vaccine. 2016 Apr 12;34(17):2008-14. doi: 10.1016/j.vaccine.2016.02.063. Epub 2016 Mar 5. PMID: 26954467; PMCID: PMC7115611
(5) (Le Bert N, Tan AT, Kunasegaran K, Tham CYL, Hafezi M, Chia A, Chng MHY, Lin M, Tan N, Linster M, Chia WN, Chen MI, Wang LF, Ooi EE, Kalimuddin S, Tambyah PA, Low JG, Tan YJ, Bertoletti A. SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls. Nature. 2020 Aug;584(7821):457-462. doi: 10.1038/s41586-020-2550-z. Epub 2020 Jul 15. PMID: 32668444.)
(6) Huang AT, Garcia-Carreras B, Hitchings MDT, Yang B, Katzelnick LC, Rattigan SM, et al. A systematic review of antibody mediated immunity to coronaviruses: kinetics, correlates of protection, and association with severity. Nat Commun 2020;11:4704., https://www.nature.com/articles/s41467-020-18450-4
(7) Dan JM, Mateus J, Kato Y, Hastie KM, Yu ED, Faliti CE, et al. Immunological mem- ory to SARS-CoV-2 assessed for up to 8 months after infection. Science 2021;371.
(8) Cho, Alice, Frauke Muecksch, Dennis Schaefer-Babajew, Zijun Wang, Shlomo Finkin, Christian Gaebler, Victor Ramos, et al. « Anti- SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Antibody Evolution after MRNA Vaccination », 30 août 2021. https://doi.org/10.1101/2021.07.29.454333 .
(9) Feng, Chengqian, Jingrong Shi, Qinghong Fan, Yaping Wang, Huang Huang, Fengjuan Chen, Guofang Tang, et al. « Protective Humoral and Cellular Immune Responses to SARS-CoV-2 Persist up to 1 Year after Recovery ». Nature Communications 12, no 1 (17 août 2021): 4984. https://doi.org/10.1038/s41467-021-25312-0
(10) Large-scale study of antibody titer decay following BNT162b2 mRNA vaccine or SARS-CoV-2 infection, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.19.21262111v1
(11) CD8+ T cell responses in COVID-19 convalescent individuals target conserved epitopes from multiple prominent SARS-CoV-2 circulating variants https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33594378/
(12) Superior cellular and humoral immunity toward SARS-CoV-2 reference and alpha and beta VOC strains in COVID-19 convalescent as compared to the prime boost BNT162b2 vaccinated dialysis patients, https://www.kidney-international.org/article/S0085-2538(21)00680-3/abstract
(13) Longitudinal analysis shows durable and broad immune memory after SARS-CoV-2 infection with persisting antibody responses and memory B and T cells, https://www.cell.com/cell-reports-medicine/abstract/S2666-3791(21)00203-2
(14) Landscape of epitopes targeted by T cells in 852 individuals recovered from COVID-19: Meta-analysis, immunoprevalence, and web platform, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666379121001555
(15) The longitudinal kinetics of antibodies in COVID-19 recovered patients over 14 months, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.16.21263693v1,
(16) BMJ : (Vaccinating people who have had covid-19: why doesn’t natural immunity count in the US?
BMJ 2021; 374 doi: https://doi.org/10.1136/bmj.n2101 (Published 13 September 2021
(17) (High Seroprevalence of SARS-CoV-2 Eight Months After Introduction in Nairobi, Kenya, https://papers.ssrn.com/abstract=3844795
(18) (SARS-CoV-2 seroprevalence among the general population and healthcare workers in India, December 2020-January 2021, 10.1016/j.ijid.2021.05.040)
(19) Xu, X., Sun, J., Nie, S. et al. Seroprevalence of immunoglobulin M and G antibodies against SARS-CoV-2 in China. Nat Med 26, 1193–1195 (2020), https://doi.org/10.1038/s41591-020-0949-6
(20) https://www.has-sante.fr/jcms/p_3269831/fr/covid-19-des-trod-pour-optimiser-l-utilisation-des-doses-de-vaccins-disponibles
(21) Matthieu Schoenhals, Niry Rabenindrina, Jean Marius Rakotondramanga, Philippe Dussart, Rindra Randremanana, et al.. SARS-CoV-2 antibody seroprevalence follow-up in Malagasy blood donors during the 2020 COVID-19 Epidemic. EBioMedicine, Elsevier, 2021, 68, pp.103419. ⟨10.1016/j.ebiom.2021.103419⟩. ⟨pasteur-03254611⟩)
(22) The Role of Antibody Testing for SARS-CoV-2: Is There One?, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32350047/
(23) Banoun H., 2020, Covid19 : immunité croisée avec les autres coronavirus, phénomènes immunopathologiques-update-aout2020, https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02914300
COVID19: Cross-Immunity with Other Coronaviruses, Immunopathological Phenomena, http://ssrn.com/abstract=3654264  
(24) Highly functional virus-specific cellular immune response in asymptomatic SARS-CoV-2 infection, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33646265/
(25) https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/pdfs/mm7032e1-H.pdf Reduced Risk of Reinfection with SARS-CoV-2 After COVID-19 Vaccination — Kentucky, May–June 2021
(26) Correlates of protection from SARS-CoV-2 infection https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00782-0/fulltext
(27) Rapport britannique sur les variants du 23 juillet 2021, page 35 https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1005517/Technical_Briefing_19.pdf.
(28) Gallais et al., Gallais, Floriane, Pierre Gantner, Timothée Bruel, Aurélie Velay, Delphine Planas, Marie-Josée Wendling, Sophie Bayer, et al. « Evolution of Antibody Responses up to 13 Months after SARS-CoV-2 Infection and Risk of Reinfection ». EBioMedicine 71 (1 septembre 2021). https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2021.103561
(29) SARS-CoV-2 seropositivity and subsequent infection risk in healthy young adults: a prospective cohort study, https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(21)00158-2/fulltext
(30) https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/27/10/21-1427_article publié 21 juillet 2021 par le CDC
Breakthrough Infections of SARS-CoV-2 Gamma Variant in Fully Vaccinated Gold Miners, French Guiana, 2021
(31) Gazit, Sivan, Roei Shlezinger, Galit Perez, Roni Lotan, Asaf Peretz, Amir Ben-Tov, Dani Cohen, Khitam Muhsen, Gabriel Chodick, et Tal Patalon. « Comparing SARS-CoV-2 Natural Immunity to Vaccine-Induced Immunity: Reinfections versus Breakthrough Infections », 25 août 2021. https://doi.org/10.1101/2021.08.24.21262415
(32) Having SARS-CoV-2 once confers much greater immunity than a vaccine—but no infection parties, please,
https://www.sciencemag.org/news/2021/08/having-sars-cov-2-once-confers-much-greater-immunity-vaccine-no-infection-parties » https://www.sciencemag.org/news/2021/08/having-sars-cov-2-once-confers-much-greater-immunity-vaccine-no-infection-parties
(33) Equivalency of Protection from Natural Immunity in COVID-19 Recovered Versus Fully Vaccinated Persons: A Systematic Review and Pooled Analysis, https://science.sciencemag.org/content/372/6549/1392
36 mRNA vaccination boosts cross-variant neutralizing antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection
(34) Chen X, Chen Z, Azman AS, Sun R, Lu W, Zheng N, Zhou J, Wu Q, Deng X, Zhao Z, Chen X, Ge S, Yang J, Leung DT, Yu H. Neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 variants induced by natural infection or vaccination: a systematic review and pooled meta-analysis. Clin Infect Dis. 2021 Jul 24:ciab646. doi: 10.1093/cid/ciab646. Epub ahead of print. PMID: 34302458
(35) Hybrid immunity, https://science.sciencemag.org/content/372/6549/1392
(36) mRNA vaccination boosts cross-variant neutralizing antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection
L. Stamatatos et al., Science 372, 1413 (2021). https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33766944/
(37) Prior SARS-CoV-2 infection rescues B and T cell responses to variants after first vaccine dose
Reynolds et al., Science 372, 1418 (2021) https://www.science.org/doi/10.1126/science.abh1282
(38) Neutralization of VOCs including Delta one year post COVID-19 or vaccine, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.12.21261951v1
(39) Reduced sensitivity of SARS-CoV-2 variant Delta to antibody neutralization
https://www.nature.com/articles/s41586-021-03777-9″>https://www.nature.com/articles/s41586-021-03777-9
(40) Séroneutralisation SARS-CoV-2 : effets sur les variants  https://youtu.be/nZnzNCgvNq8″>https://youtu.be/nZnzNCgvNq8
(41) High individual heterogeneity of neutralizing activities against the original 4 strain and 9 different variants of SARS-CoV-2 https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-783298/v2 La Scola
(42) Version anglaise et française,The role of antibodies in the light of the theory of evolution.
African Journal of Biological Sciences. 3(3), 1-9.
https://www.afjbs.com/files/1627021759_(1)_AFJBS20210145_(p_1-9).pdf »
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03311767
(43) SARS-CoV-2–specific CD8<sup>+</sup> T cell responses in convalescent COVID-19 individuals, https://www.jci.org/articles/view/145476#SEC3″>https://www.jci.org/articles/view/145476#SEC3
(44) SARS-CoV-2 specific memory B cells frequency in recovered patient remains stable while antibodies decay over time, https://www.researchgate.net/publication/343867921_SARS-CoV-2_specific_memory_B_cells_frequency_in_recovered_patient_remains_stable_while_antibodies_decay_over_time »
(45) An infectivity-enhancing site on the SARS-CoV-2 spike protein targeted by antibodies
https://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(21)00662-0  Enhancing anti-SARS-CoV-2 antibodies recognize both the original Wuhan/D614G strain and Delta variants. A potential risk for mass vaccination ?, Journal of Infection (2021), doi: https://doi.org/10.1016/j.jinf.2021.08.010 , The SARS-CoV-2 Delta variant is poised to acquire complete resistance to wild-type spike vaccines
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.08.22.457114v1
The plasmablast response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination is dominated by non-neutralizing antibodies that target both the NTD and the RBD https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.07.21253098v1
(46) Mucosal Immunity in COVID-19: A Neglected but Critical Aspect of SARS-CoV-2 Infection, https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.611337/full https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.611337/full
(47) mRNA vaccine-induced T cells respond identically to SARS-CoV-2 variants of concern but differ in longevity and homing properties depending on prior infection status, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.12.443888v2
(48) Identification of resident memory CD8+ T cells with functional specificity for SARS-CoV-2 in unexposed oropharyngeal lymphoid tissue, https://www.science.org/doi/10.1126/sciimmunol.abk0894
(49)
What’s causing long COVID?,16 August 2021, Interview with Akiko Iwasaki, Yale University https://www.thenakedscientists.com/articles/interviews/whats-causing-long-covid
(50)
Neuro-COVID long-haulers exhibit broad dysfunction in T cell memory generation and responses to vaccination https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.08.21261763v2
(51)
Antibody Responses in Seropositive Persons after a Single Dose of SARS-CoV-2 mRNA Vaccine | NEJM,https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2101667 https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2101667, Life | Free Full-Text | Self-Reported Real-World Safety and Reactogenicity of COVID-19 Vaccines: A Vaccine Recipient Survey | HTML, https://www.mdpi.com/2075-1729/11/3/249/htm , Previous COVID-19 infection but not Long-COVID is associated with increased adverse events following BNT162b2/Pfizer vaccination, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.04.15.21252192v1  Robust spike antibody responses and increased reactogenicity in seropositive individuals after a single dose of SARS-CoV-2 mRNA vaccine | medRxiv, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.01.29.21250653v1.full  Safety and humoral responses to BNT162b2 mRNA vaccination of SARS-CoV-2 previously infected and naive populations | Scientific Reports, https://www.nature.com/articles/s41598-021-96129-6 , Vaccine side-effects and SARS-CoV-2 infection after vaccination in users of the COVID Symptom Study app in the UK: a prospective observational study, https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00224-3/fulltext
(52) Naturally enhanced neutralizing breadth against SARS-CoV-2 one year after infection, http://www.nature.com/articles/s41586-021-03696-9
(53) Differential effects of the second SARS-CoV-2 mRNA vaccine dose on T cell immunity in naïve and COVID-19 recovered individuals https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.03.22.436441v1
(54) Anti- SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain Antibody Evolution after mRNA Vaccination https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.29.454333v2
(55) Horndler, Lydia, Pilar Delgado, Salvador Romero-Pinedo, Marina Quesada, Ivaylo Balabanov, Rocío Laguna-Goya, Patricia Almendro-Vázquez, et al. « DECREASED BREADTH OF THE ANTIBODY RESPONSE TO THE SPIKE PROTEIN OF SARS-CoV-2 AFTER VACCINATION », 14 août 2021. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.12.443888v2
(57) The BNT162b2 mRNA vaccine against SARS-CoV-2 reprograms both adaptive and innate immune responses, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.05.03.21256520v1
(58) Defining trained immunity and its role in health and disease https://www.nature.com/articles/s41577-020-0285-6 

Auteur de l'article :

Lire tous les articles de

Aller au contenu principal